Um eine Systemplatte komplett zu überschreiben, ist es notwendig, dass das auf dieser installierte Betriebssystem nicht läuft, während die Festplatte überschrieben wird. Um diese komplett mit dem Shredder löschen zu können, muss der Prozess also von einer anderen Windows-Installation aus stattfinden, z.B. indem die zu löschende Festplatte in einen anderen PC eingebaut wird.